Ich hab das Problem gelöst...
Es scheint wirklich so zu sein, dass während eines Interrupts bestimmte Dinge nicht funktionieren und so hab ich einfach noch eine zusätzliche Variable eingefügt, die von der Hauptschleife ständig abgefragt wird und bei Empfang über die serielle Schnittstelle ihren Wert ändert.
Trotzdem vielen Dank für deine Bemühungen und Tipps!

Mit freundlichen Grüßen

Philipp