Die einfachst Möglichkeit, einfach abstecken

Die Servos reagieren auf Impulse, beim flashen gibts eigentlich nur noch Impulse, auch wenn die nicht dieselbe Leitung verwenden wie zum programmieren, sie werden sich immer etwas bewegen.

Evtl. kannst Du in dein Programm eine kurze Wartezeit direkt nach dem Reset einbauen, so dass der AVR nicht gleich nach dem Start irgendwelche Ausgänge setzt, denn das Programmieren geht (auch) über die Resetleitung, und da kommt es schon vor, das das Programm anfängt zu arbeiten, obwohl das Flashprogramm noch Daten übertragen will, aber die Servos haben schon ein kurzes Signal bekommen, also bewegen sie sich.

Probier mal am Anfang zB. ein Wait 1 noch bevor irgendwas anderes gemacht wird, also vor den Config ... output usw.
Ist jetzt nur eine Idee, wenns nicht geht, hilft erstmal nur abstecken.