Hi stormracer,
bei SUSE Linux handelt es sich ja auch nur um Linux, deshalb kannst du jede Software zum brennen deines ATmegas benutzen, die unter Linux läuft. Ich nutze AVReAl unter Win32, aber es gibt auch eine Linux Version:
http://www.ln.com.ua/~real/avreal/index_e.html

Zum Thema GCC:
Die normale GCC dürfte unter SUSE nicht den AVR- Crosscompiler beinhalten... da musst du wahrscheinlich selbst Hand anlegen.
Du musst dann aber noch die libc erstellen um was sinnvolles mit der GCC anfangen zu können : http://www.nongnu.org/avr-libc/
Genaue Infos kann ich aber leider nicht zum Thema geben.

Gruß,
SIGINT