Also ich habe auch alles mit den 5V-Versionen zusammengebaut. Nachteil ist, dass dann deine Zielschaltungen auch nur 5V sein dürfen - 3,3V Schaltungen gehen dann nicht!

Der RESCLK-Pin ist was ganz Feines! Solltest du mal bei einem eingebauten Prozessor eine externe Clock-Source eigestellt haben, so kannst du den µC damit mit einer Clock versorgen, damit du die richtigen Fuses wieder setzen kannst. Dazu muss beim einschalten der ATmega aber aus Bootloader gejumpert werden.