Hallo Tobias,

wie gesagt: In der ISR am besten keine Warteschleife, sondern ich würde den ganzen Ablauf in das Hauptprogramm nehmen. Da kann man immer Pausen einfügen, wenn nötig.
Eine Timer-ISR sollte nur regelmäßige, genau definierte kurze Aktionen durchführen, die unabhängig vom Hauptprogramm eintreten müssen.

Gruß Dirk