ad 1) Ja.
ad 2) Das Zauberwort heisst "Bootloader". Read while write self programming.
Evtl recht auch der EEPROM für die Daten? Alternativ schaltest du den Asuro nicht aus, sondern setzt ihn in den Sleepmode. Den Strom den er da zieht dürfte niedriger sein als die Selbstentladung der Akkus, vorausgesett, du schaltest alles (auch AVR-HW) aus, die du nicht brauchst.
Um ihn beim "Einschalten" wieder in einen definierten ustand zu bringen, kannst du entweder weitermachen wo du warst oder machst einen RESET (extern, Watchdog). In letzterem Falle müssen deine Daten in die Section ".noinit".
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