Hab das grad mal am RN-M8 Board probiert, hab aber grad nur einen 16MHz rumliegen, deshalb gehts halt doppelt so schnell wie ausgerechnet, aber ansonsten die Signale schön PWM-mässig, egal ob ISP-Adapter dran oder nicht.

Hast Du da direkt gemessen an diesen Pins wenn noch nix angesteckt ist, irgendwo muss sich da noch was verstecken was Dir da dazwischenfunkt.