OK, das war aus dem Layout nicht ersichtlich, gehe mal auf die Seite:www.ulrichradig.de/site/ AVR-Projekte Base Kit da ist die meiner Ansicht nach richtige Beschaltung des 25pol. Stecker zum Programmieren.
Wenn du im PonyProg Probe anklickst muss OK kommen sonst hat er den ProgAdapter nicht erkannt.

Zum Layout noch, 100n Keramik-C gehören direkt zum Spannungsregler und einer so nahe wie möglich zum 'AVR. AREF nicht mit VCC verbinden sondern nur ein C mit 100n auf GND, und wenn du in die Plus-Ltg nach der Klemme eine Diode (1N4004) einfügst dann überlebt das Board auch wenn du mal die Versorgungsspannung verpolst.