Also wenn RTS auf 0V liegt (also logisch True) ist der FT232 bereit Daten zu empfangen
CTS = 0V (logisch True) signalisiert doch, dass die Gegenstelle (der AVR) Daten empfangen kann.

Bist Du sicher, dass Du die Logik auch so programmiert hast?


Ansonsten sind die Signale auch hier beschrieben:
http://de.wikipedia.org/wiki/RS232