Bei einem Peltierelement hat man den besten Wirkungsgrad beim kleinsten Strom mit dem man die erforderliche Kühlleistung erreicht.

Der Wirkungsgrad ist schlechter wenn man abschnittsweise stärker kühlt und das durch Pausen ausgleicht.

Damit ist es einfach: Man nimmt PWM über eine Drossel geglättet zur Ansteuerung.
Manfred