Ich verwende nicht den Bootloader von Chip45. Das ist dort aber auch nicht anders.
Ja, wenn du das Hex File über ISP reinspielst.
Nur wird das nicht automatisch geschehen.
Du setzt die Fuses wie sonst auch "von hand".
Diese bleiben immer noch gesetzt auch wenn du den Controller über den Bootloader neu flashst.
Kannst auch die Lockbits setzen. Musst aber bei den Bootlockbits nur die richtigen setzen.
Bei dem Megaload kann man noch die Bootlockbits separat setzen lassen.
Lasse mich gerne eines besseren belehren, habe bis jetzt aber nichts anderes festgestellt.