Ich würde mal zwei sachen versuchen:
1. Hast du zwischen GND und Vcc des µCs einen Kondensator (100nF)? Das hilft direkt die Versorgungsspannung zu filtern. Wenn man es weglässt, kann es zu solchen Problemen kommen.
2. Versuch mal die Elektronik und den Motor testweise unabhängig voneinader zu speisen (zB Motor vom Netzteil, Elektronik vom Akku). Wenn es so auch nicht funktioniert, hast du in der Nähe des µCs Probleme.

MfG

---pongi---