Da Windows keine harte Echtzeit kann kommst Du wahrscheinlich um eine zusätzliche Hardware nicht herum (sofern Du wirklich im 100us Takt reagieren musst). Es gibt Karten, die externe Trigger anbieten und dann register hochzählen. Die API liefert meistens eine Schnittstelle zur Win-Interrupts, in die man callbacks einhängen kann. Meilhaus hat da wahrscheinlich was im Angebot.
Ich habe mal etwas ähnliches für eine Industrieapplikation gemacht. Windows ist da sehr kritisch, weil es bisweilen einfach mal "innehält" um sich mit sich selbst zu beschäftigen. Mit der extra Hardware haben wir das dann in den Griff bekommen.
Das ging aber auch nur, weil wir Soft-Realtime Anforderungen im Gesamtsystem hatten.
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