Etwas einfacher geht's hier, weil du 2 verschiedene Taster hast auf denen je nur eine Funktion liegt: zu Entprellen brauchst du eigentlich nicht (schon garnicht bei einer Auflösung von 10ms).

Die internen PullUps aktivieren und die Taster vom jeweiligen Port nach Masse.

Falls der Start-Taster kurz prellt, wirst du den Timer zweimal oder öfter kurz hintereinander starten, was aber nicht weiter stören sollte.

Falls du entprellen willst geht das auch einfach dadurch, daß du in INT0 (Start) den INT0 deaktivierst und INT1 (Ende) aktivierst. Und erst in INT1 wird INT0 wieder aktiviert und INT1 deaktiviert.