Konnte es doch selbst lösen.

hab mir die "iom128.h" und das Datenblatt nochmal zur Brust genommen

Für alle die es interessiert wie der Timer1 initialisiert wird:
TCCR1A = 0; //Normal Mode
TCCR1B = _BV(CS10) | _BV(CS12); //Prescaler auf 1024
TCCR1C = 0;
TCNT1L = 0; //Timer zurück setzen
TCNT1H = 0; //Timer zurück setzen


OCR1AH = 00111101;
OCR1AL = 00001001; //entpricht 15625

TIMSK = _BV (OCIE1A); //CompareA Interrupt zulassen
Leider hab ich noch nicht rausbekommen wie ich den CTC Mode verwenden kann, damit der Zähler beim Compare Match automatisch zurück gesetzt wird. Zur Zeit setze ich ihn noch manuell in der Interruptroutine zurück.

Vielleicht weiß das ja jemand