Zuviel des Guten weiß ich nicht.
Das ist zum großen Teil ermessenssache.
Auch kommt es natürlich ganz darauf an was man damit tun möchte.

Auch eine reine Embedded-Lösung könnte die bessere Wahl sein.
Wenn z.B. Echtzeit-Lösungen gefragt oder hohe Systemkritikalitäten zu Grunde liegen.
Ich würde so eine Lösung auch anstreben, wenn z.B. ein Atmega nicht mehr ausreichen würde.
(Ich weiß ja nicht was ihr vorhabt.)

Ich kann nur für meinen Roboter hier im Thread schreiben.
Brauche die Rechenleistung für die Bildauswertung und die Leistungsreserven für meine Softwareexperimente.
Zudem habe ich es bei der Softwareentwicklung für so einen Standard-PC deutlich einfacher als für ein Embedded.
Der Roboter ist eben auch ein Stück weit meine Experimentalplattform.

Ich habe auch eine Festplatte eingebaut, und fahre damit im Gelände.
Habe damit noch keine Probleme bekommen.
Nicht zuletzt weil der Roboboter ein gefedertes Fahrgestell hat und zur Festplatte hin verschiedene Dämpfungen, bis hin zur Vibrationsdämpfung eingebaut sind.
Zudem ist mittlerweile eine Laptop-Festplatte verbaut, die aufgrund der leichten Mechanik im Inneren nicht so superempfindlich ist.

Die Festplatte selbst ist ja eigentlich ein anderes Thema, dafür gibt auch mehrere Lösungen.
Für Geld bekommt man wahrlich alles... Immer wieder gern im Auto verbastelt werden so genannte SolidState-Festplatten.
Etwas günstiger (aber noch keine Erfahrungen damit gemacht) sind die IDE->SD Adapter mit denen man 4Gb SD-Karten als Festplatte nutzen kann.
USB-Sticks usw.

Ja nun Möglichkeiten gibt es sicher viele.. und noch mehr.
Die ITX-Lösung ist sicher nicht die beste für jeden. Wenn man die Wahl nach seinen Bedürfnissen fällt und sich auf das wesentliche beschränkt kann da eigentlich nur wenig schief gehen.

Viel Glück
Christian