Gibt es auch SMD-Elkos für den MaxIC? Die normalen sind ja doch recht groß...
Ja, natürlich gibt es auch SMD Elkos. z.B. Best.Nr. SMD TAN.1,0/35 bei Reichelt.

Kann ich zwei Spannungen über entsprechende Regler auf der Platine mit einem Gnd verbinden und so Funkmodul sowie MaxIC mit 3,3V und den rest mit 5V versorgen?
Du musst sogar alles mit einem GND verbinden, wenn Du nicht 2 komplett getrennte Spannungsquellen hast. Ist aber problemlos möglich.

Ich habe vor eine zweiseitige Platine zu verwenden. Die Rückseite möchte ich als Gnd lassen und nur im Notfall mit Leiterbahnen versehen. Macht das Sinn?
Eine große GND-Fläche ist nie verkehrt. Wenn Du Leiterbahnen zwischen einer GND-Fläche hindurch führtst, solltest Du nur darauf achten, dass kein zu großer Massering entsteht (Antennenwirkung).