Wie wärs mit nem Vorwiderstand (50-100k) und direkt am Port 2 Dioden.
Eine Diode Richtung Betriebsspannung und die andere gegen Masse geschaltet.
Ein Signal kann der AVR mit nem Vorwiderstand verarbeiten und falls mal 12V ankommen dann fleißen die einfach über die Diode gegen Betriebsspannung (z.B. 5V) ab.
Bei negativen Spannungen eben durch die andere Diode Richtung Masse.

Babbage