So blöde und traurig es klingt, aber "Tonne auf, M16 rein, neuen M16 nehmen".

Wenn der neue M16 das auch macht, den alten wieder aus der Tonne holen

Benutzt du den internen EEPROM und da die Zelle 0? Und wenn ja, hat der Inhalt was mit RS232 zu tun?

Hast du einen Bootloader installiert?

Wie sind die Bootloader-Einstellungen deines M16?

Womit wird der M16 getaktet? Intern, externen Quarz? Wenn Quarz, evtl mal den Quarz und die Kerkos tauschen. Evtl schwingt der Quarz nicht richtig an? Nach einem Reset schwingt er ja noch vom ersten Start.
Da evtl mal eine Pause von ein paar Sekunden einlegen, bevor das Hauptprogramm startet. RS232 benötigt ja ein Timing. Bei Abfragen eines Tasters wären unregelmäßige Schwinungen nicht so schlimm.

Wenn das alles nichts hilft, dann Variante A, das mit der Tonne