Hallo
mit ätzen habe ich persönlich auch massive Schwierigkeiten - die ein oder andere Platine allerdings wurde was.
Fräsen bedarf riesigen 'Equipments'. Abgesehen von recht teurem Werkzeug umfangreiches 'Zubehör' wie zumindest Tiefenregler und abgeglichene Anschläge.
Bei einigen tausend Löchern hingegen lohnt der erhebliche Mehraufwand des Fräsens. Echtes Problem ist nämlich eine geätzte Platine dann maschinell zu bohren. Zumindest bei Einzelstücken.

Fräsen und bohren bedarf jedoch dann wieder sehr genauer Werkzeugwechsel. Manuell eine fast unlösbare, fehlerträchtige Angelegenheit.

Die günstigste Lösung war somit zumeist die Platine ätzen zu lassen und sich die 'Ätzanstalt' so auszusuchen das diese wichtige Eckpunkte (z.Bsp. Koordinaten einiger 'Referenzlöcher' zum Platinenrand ) berücksichtigt. Auf diese Art 'Jobsharing' lässt sich die Platine dann am Anschlag einigermaßen passgenau 'lochen'.

Fräsen im Prototyping ist absolut unrationell. Es gibt aber Verfahren den Fotolack z.Bsp. per Fräse zu belichten oder die Isolierabstände vorzuritzen und nachzuätzen. Irgendwo da liegt der gängige Mittelweg.
Wenn du bspw. nur 50 Platinen erstellst wird der Einsatz einer Fräse jedoch immer reiner Luxus bleiben.

Fräse und Roboter ergänzen sich jedoch eigentlich nahezu perfekt. Auch ist nicht die Maschine das teure - richtig ins Geld geht das Werkzeug !!!!!
Wir machten im Anfangsstadium ausschliesslich sehr gute Erfahrungen mit den (kleinen) Isel-Fräsen. Ich meine die heißen auch proMA ? Ein sehr schöner Fräsplotter (leider ohne Kugelspindeln) ist auch die Ha(a)se CUT2000. In die Richtung müsstest du im Selbstbau zielen.

Auch der Zeitaufwand bis man so'ne Fräse (selbst ein Fertiggerät) einigermaßen bedienen (programmieren) kann ist nicht zu unterschätzen. Bei mir entstand wegen der ganzen Vorbereitung zur Fräserei bis heute dabei nie ein Roboter - allerdings einige recht gute Fräsen.

Fräsen oder Ätzen würde ich mich betreffend so ausdrücken: Wenn ichs denn hinbekäme alles fräsen - weil das jedoch nie klappt ätze ich. Nicht immer, aber ....