Der Unterschied ist eigentlich nur ein einziger:

Wenn der Output-Compare-Pin beim raufzählen gesetzt und beim runterzählen gelöscht wird, läuft der Motor umso schneller, je kleiner der Wert im OCR ist. Die andere Variante (löschen beim hochzählen und setzen beim runterzählen) hat den genau umgekehrten Zusammenhang zur Folge.