Mit einer hast du ne Spannung zwischen 0V und 5V, wenn du zwei nimmst und von einem Ausgang zum anderen misst, ist der Gleichspannungsanteil weg, du hast dann 5V und -5V (alles nur ca.-Werte, da an den Transistoren Spannung abfällt.)

Hab mir jetzt mal angeschaut was du da vorhast.
Also, in der Schaltung die da vorgeschlagen wird, fehlt imho ne Freilaufdiode, da ohne diese eben hohe Spannungsspitzen am MosFET entstehen.
Mit Freilaufdiode nimmt der Strom durch den Trafo allerdings nur sehr langsam ab.
Vielleicht hab ich allerdings auch falsch gedacht dass nen Trafo wie ne Induktivität funktioniert, und er sich in Wirklichkeit anders verhält, deswegn überlasse ich mal lieber den Spezialisten das Wort...