Zitat:

Habe auch gehört, dass das JTAG auch während der Laufzeit deaktiviert werden kann.


Wo wird sowas erzählt?
Das stimmt schon, man kann das JTAG-Interface auch während der Laufzeit deaktivieren. Siehe Datenblatt vom ATMega16 auf Seite 229. Dazu dient das JTD(JTAG Interface Disable) im MCUCSR-Register. Um es zu deaktivieren muss dieses Bit innerhalb von vier Taktzyklen zweimal auf 1 gesetzt werden, zum aktivieren zweimal auf 0.