Ein Transistor verträgt max. etwa 1 Watt ohne Kühlkörper. Ich denke mal dass es daran lag. Außerdem mal als Vergleich: Ein Pentium 4 macht max. 150 Watt Abwärme. Und die brauchen schon riesige Kühlkörper. Diese Werte sind also Utopie, die errreicht man nur mit riesigen Kühlern.
Und Spannungs- und Strombegrenzung über µC dürfte etwas kompliziert werden. Dazu muss man die Werte über den ADC einlesen, und der ist recht lahm.
Infos wie man z.B. MosFET ansteuert findest du im Elko (www.elektronik-kompendium.de)

Edit: Kann sein, dass ich dich da jetzt falsch verstanden hab, aber ein PWM-geregeltes Netzteil ist auch ein Schaltnetzteil, zumindest beruht es auf exakt demselben Prinzip.

MfG