So,

ich bin ein Stück weiter: Beim Build wird im "default"-Verzeichnis ein "dep"-Verzeichnis angelegt, dieses enthält eine Datei "eeprom5.o" und darin werden an zwei Stellen im Pfadnamen BackSlashes statt normaler Slashes verwendet:

Code:
eeprom5.o: ../eeprom5.c C:/WinAVR/avr/include/avr/io.h \
  C:/WinAVR/avr/include/avr/sfr_defs.h C:/WinAVR/avr/include/inttypes.h \
  C:/WinAVR/avr/include/stdint.h C:/WinAVR/avr/include/avr/iom32.h \
  C:/WinAVR/avr/include/avr/portpins.h \
  C:/WinAVR/avr/include/avr/version.h C:/WinAVR/avr/include/avr/eeprom.h \
  C:\WinAVR\bin/../lib/gcc/avr/3.4.5/include/stddef.h

C:/WinAVR/avr/include/avr/io.h:

C:/WinAVR/avr/include/avr/sfr_defs.h:

C:/WinAVR/avr/include/inttypes.h:

C:/WinAVR/avr/include/stdint.h:

C:/WinAVR/avr/include/avr/iom32.h:

C:/WinAVR/avr/include/avr/portpins.h:

C:/WinAVR/avr/include/avr/version.h:

C:/WinAVR/avr/include/avr/eeprom.h:

C:\WinAVR\bin/../lib/gcc/avr/3.4.5/include/stddef.h:
Wenn ich die durch normale Slashes ersetze, kann ich das Projekt wieder öffnen. Jetzt wüsst ich bloß gerne noch, woher die kommen...