Laut Atmel geht das Programmieren meherer uC's ohne Probleme. Dazu müssen allerdings auch alle gleich sein (was in deinem Fall ja anscheinend so ist) Ich denke aber dass es auf jeden Fall wichtig ist den ISP-Programmer mit dem Bustreiber zu verwenden (also nicht das pillepalle ding mit 2 Widerständen oder so.). Wie viele du gleichzeitig Programmieren kannst hängt denke ich einfach davon ab, was der Bustreiber so an Strom bringen kann. Wieviel das Programmieren pro uC zieht weiss ich nicht. Müsste man vielleicht mal ausmessen.
Das kommunizieren der uC's würde ich über den SPI oder sowas machen.