Servus DarkFire,
Die ADC-Eingänge sind doch nur gemultiplext und führen zusammen auf einen internen realen ADC. Wenn du nun die externe Referenzspannung anlegst und den ADC auf interne Referenz programmierst schiebst du deiner Spannungsreferenz eine 5V-Spannung ein was der nicht gut tut und eh meist einen Schaden am AVR anrichtet. Mußt dich entscheiden ob intern oder extern oder wenn du extern speist softwareseitig und extern dafür Sorge tragen (gegenseitige sichere Verriegelung) das der kritische Fall nie eintreten kann.
...drück dir mal die Daumen das dein AVR noch intakt ist
Grüße Wolfgang
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