Ich kenn mich in Sachen Bootloader nicht so aus, aber könnte man ihn nicht aus einem intakten Controller auslesen und ihm hier im Forum zusenden!?
Such mal im Forum nach, es gab schon Leute, die auch die Idee hatten, rausgekommen ist dabei nichts.

Mann kann den Mega nur per Hochvoltprogrammierung komplett löschen.

Gruß Sebastian