Hast du das mit einem V-Meter gemessen? Das sagt nicht viel aus... Wenn MISO zwischen 0 und 1 wackelt, siehst du am V-Meter VCC/2, also wahrscheinlich 2.5V.

Die Quelle von oben hab ich mal überflogen. Sieht recht ältlich aus. Mit halbwegs aktuellen Versionen von avr-gcc bekommst du das nicht übersetzt.
Zudem sind AT90S2313 und ATtiny2313 zwar pinkompatibel, aber keineswegs binärkompatibel, wie man schon leicht an der unterschiedlichen anzahl von Fuses erkennt.
Programme, die für einen AT90S2313 übersetzt sind, dürften auf einem ATtiny2313 nicht laufen, denn schon die Größe der vectab hat sich geändert!