Schau mal im Help zu dieser Meldung.

Da kannst Du (ich glaube) mit ERC prüfen lassen, was nicht passt.
Dann dieses ändern (löschen) und dann geht es wieder.

Ich speichere die Files immer bei neuen wichtigen Änderungen als ein neue Version.
z.B. File V1.01 , V1.02 u.s.w.
Außerdem kopiere ich von einem Tag immer die Files in einen Ordner der Sicherung heißt.
So kann ziemlich wenig passieren.
Eagle macht selber auch Sicherungskopien die dann eine andere Ändung haben...
Da müsste man aber erst die Ändungen wieder ändern u.s.w. (eher umständlich)