Mich dünkt du willst mit Insight den Controller flashen, das geht wohl nicht so. Jedenfalls nicht so einfach (da bräuchtest du nen Server, der sich mit gdb connectet und das Zeug aufspielt).

Am ehesten kommst du wohl mit einem Progger deiner Wahl zu Rande (avrdude, PonyProg, uisp, yaap, ...)

Was Makefiles angeht: Die dinger selber schreiben ist hochgradig tückisch und noch ein weiteres Minenfeld für den Neuling. Bei den automatisch generierten Dinger durchzusteigen ist auch eher was für versierte oder Masos...