Also:
AVRStudio ist, wie Du schon richtig erkannt hast, die Entwicklungsumgebung für den AVR. Assembler-Programme kannst Du hier schreiben, kompilieren, simulieren und auf den AVR flashen.
Um Programme in C kompilieren zu können, brauchst Du WinAVR. WinAVR ist der GCC-Compiler, nur halt für Windows. Für Linux-Systeme heißt er immer noch GCC. Seit der letzten AVRStudio-Version wird WinAVR automatisch ins Studio integriert, so dass man direkt im Studio auch C-Programme schreiben und kompilieren kann.
Zum make-file: Das makefile wird in der neuen Studio Version so gesehen nicht mehr benötigt. Alle Einstellungen, die man im makefile vornehmen musste, kann man nun in den Projekteigenschaften im Studio einstellen. Alternativ kann man auch weiterhin ein selbstgemachtes makefile einbinden. Bei winavr ist auch ein makefile-Generator dabei, der auch recht einfach zu bedienen ist.
Mit dem AvrISP kannst Du direkt vom AVRStudio aus flashen, richtig. Mit Ponyprog/parallelen Programmern kenne ich mich leider nicht aus, da muss Dir jemand anderes weiterhelfen.
Zum debuggen mit dem JTAG ICE musst Du zwangsläufig auch die JTAG Pins nach aussen führen, anders gehts nicht. Aber Du kannst mit dem JTAG ja auch flashen - wenn Du den JTAG ICE hast, ist der AvrISP eigentlich überflüssig. Es sei denn, Du benötigst die JTAG-Pins für andere Aufgaben. Andere Möglichkeiten zum debuggen gibt es - außer der reinen Simulation im Studio - soweit ich weiß nicht.
Der originale JTAG ICE von Atmel kostet schlappe 400,- Euro. Das ist Dir sicher zu viel Geld. Es gibt eine Alternative zum selbernachbauen, die ich mir auch demnächst zusammenlöten möchte. Pläne und Firmware dazu gibt's hier.
AVRStudio und WinAVR sind übrigens kostenlos. Du brauchst also nur einen Programmer und ein Prozessor-Board, um anfangen zu können.
Gruß,
askazo
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