Hi, ich denke, das ist normal, da der Inkrementalgeber ja nur die Motordrehzahl anzeigt, und diese wahrscheinlich nicht so konstant ist und eine total andere Frequenz hat. Sobald die Frequenz anders ist, wandert ja die Phase, wenn du auf eine Frequenz triggerst..
Das ist aber doch auch nicht schlimm, oder?

Zur Synchronisierung könntest du, (falls vorhanden) mit dem Index - impuls (3. Kanal des Inkrementalgebers) einen Interrupt auslösen und damit in eine ISR gehen, die dir einen Takt erzeugt., dann wärst du für den Bildausschnitt des Oszis wohl hinreichend synchronisiert..

Gruß Sigo