Hast Du am Ausgang des AVR einen PullUp, also einen Widerstand nach Plus mit 1...47 kOhm ? Die Ausgänge sind OpenCollektor-Ausgänge und schalten bei Low den GND durch, bei High sind sie eben offen und brauchen PullUp's, die für einige Ports auch im AVR intern per Software aktiviert werden können.
Wenn deine Software nicht läuft, kann nichts aktiviert werden, wenn kein PullUp aktiviert ist und extern auch keiner ist, kann es auch keinen High-Pegel geben, auch wenn die Software funktioniert.