Irgendwie habe ich dein Problem nicht ganz verstanden..
Kannst du das noch mal erklären ?

Wenn ich beispielsweise einen Wannenstecker auf einer doppelseitigen Platine verlöten möchte, kann es vorkommen, dass Eagle einzelne Leitungen zu dessen Pins auf der Oberseite verlegt. Da ich mit Hobbybastlermitteln ätze, weiß ich aber nicht, wie ich das so durchkontaktieren soll, dass ich den Pin trotzdem nicht auf der Oberseite verlöten muss - denn da komm ich ja nicht hin!

Ich hätte also gerne, dass Eagle zwar auf dem Toplayer routet, aber IMMER vor dem Zielpunkt wieder auf den Bottom-Layer wechselt, und zwar idealerweise so, dass die VIAs nicht unter anderen Bauteilen liegen, die plan auf der Platine aufliegen sollen.

BTW: Wie kontaktiert man das überhaupt am besten durch? Kupfelackdraht und auf beiden Seiten verlöten?