Das bringt uns jetzt aber nicht weiter.
Aber mal aus der Doku des Mega8 gilt sicher auch für Mega32

If edge or toggle interrupt is selected, pulses that last
longer than one clock period will generate an interrupt. Shorter pulses are not guaranteed
to generate an interrupt. If low level interrupt is selected, the low level must be held
until the completion of the currently executing instruction to generate an interrupt.

Also, wenn dein Systemtakt 16Mhz ist sollte bei einem 100khz Signal kein Problem auftreten, wenn das nicht nur sehr kurze Impulse sind, die halt nur im 100kHz Rythmus auftreten.

Was sein kann ist, dass du mit einer anderen Interruptroutine in die Quere kommst. Ich habe mich noch nicth so viel mit c beschäftigt und schreibe alles im assembler, aber ich könnte mir vorstellen, das zu z.B. eine Timerroutine hast. Vielleicht macht der Compiler in die Interruptbehandlungsroutinen ein Cli und Sei? Das könnte deine Verluste erklären. Anders kann ich mir das kaum vorstellen.

lg

Alex