Mit Input Capture gehen die genauesten Zeitmessungen.
Das Signal kommt an den ICP-Pin und auf einstellbare Flanke wird der Timerwert ins ICR gesichert, auf Wunsch ein IRQ getriggert.

Damit lassen sich aber maximal 2 Kanäle (im Zeitmultiplex) auswerten, als zweiten Zugang zum InCapt nimmt man den AC (AnalogComparator).

Die Werte aus dem ICR müssen schnell genug ausgelesen werden!, weil du ja low- und high-Zeit brauchst, also ist nicht nur die Frequenz ein kritischer Faktor, sondern auch das Tastverhältnis, denn es bestimmt die Pegel-Zeiten.