Böse Falle. Der erste Zyklus wird durch das Setzen von TCNT1 100ms lang sein, danach tritt der SIG_OVERFLOW jedes Mal dann auf, wenn der Zähler komplet von 0 bis 65535 durchgelaufen ist.

Schau mal im Datenblatt nach dem CTC Mode. Im Grunde musst du nur den passenden Mode wählen, den Prescaler einstellen und das Register ICR1 setzen.