Für die Impulszählung ist kein Timer nötig, das geht über externe Interrupts einwandfrei, schliesslich soll nur die Anzahl der Impulse gezählt werden, aber nicht ihre Frequenz (so hab ichs zumindest verstanden).

Timer1 (10bit) kann dann als Sekundentimer genutzt werden (CTC Mode).

Was die Geschichte mit der Optimierung durch schnellere Hardware angeht: für mich ein klares Dingen. Wenn ich Software optimieren möchte, weils mir ein gutes Gefühl gibt, dann optimiere ich Software. Wenn ich schnell zum Ziel kommen muss oder möchte, dann greife ich auch zum schnellen Mittel.