Bist Du gaanz Sicher das der Spanungsregler richtigrum drin ist?

Deine Fehlerbeschreibung scheint darauf hinzuduten. Da du ja aus dem PC nur 5V genommen hast funktioniert das Anfangs auch da der Mega mitunter bis 2.5V noch arbeitet. Schlimmstenfalls ist der Regler mit der Zeit gestorben den die mögen es nicht besonders wenn der Strom von Ausgang zu Eingang fliesst.
Hast Du auch mal die Spannung vom PC direkt gemessen? Also vor dem Spannungsregler (wenn Du von einen Gerätestecker abgehst und und keine5V hast dürfte der PC auch nicht mehr gehen) oder nimmst Du die vom womöglich vom Paralellport über den Progadapter weg? Der Port ist ja nicht zur Spannungsversorgung für Schaltungen gedacht.