Die Unterschiede der Spannungen sind nicht allzu gross. Ich wuerde
auf eine weglaufende oder unsaubere Versorgungspannung tippen.

Testhalber wuerde ich mit 2 ohmschen Widerstaenden einen vom Verhaeltnis aehnlichen Spannungsteiler aufbauen & die beiden Eingaenge nacheinander auf den uC legen.

Heinz