Auch wenn es vielleicht keine direkte Problemlösung ist, aber lass das mit dem Autorouter bleiben - da kommt nur Müll bei raus...
Du kannst ein Layout von Hand sehr viel kompakter machen, als es jeder Autorouter hinbekommt - und kontrollieren musst du später sowieso alles, denn es bringt dir nichts, wenn später zwar alles verbunden ist, aber die Masse für deinen Controller erstmal im Zick-Zack an den Motortreibern vorbeiführt
Daher tu dir selber den Gefallen und mach es von Hand...

MfG
Stefan