Oder so:

-Den Empfänger an einen Hardware-Interrupt (Hat der Tiny26, doch, oder?)

Signal senden, Timer nullen + starten
Timer0 =0
Start Timer0

Kommt der HW-Interrupt, Timer stoppen und Zeitwert verarbeiten.
Z. B.
On Int0 Zeitmessung
....
Zeitmessung:
Stop Timer0
Zeit=Timer0
Return

Läuft der Timer über (Signal ging verloren), in eine ISR zum Fehlerhandling hüpfen

z.B.
On Timer0 ErrorHandler
....
ErrorHandler:
'Hier steht die Fehlerauswertung
return

Du solltest aber vorher unbedingt einen Rahmen für die minimale und maximale Laufzeit Deines Signal festlegen.
Dann kannst Du bestimmen, ob du einen 8- oder 16-Bit-Timer verwendest und wie der Prescaler einzustellen ist.

Reicht der 8-Bit-Timer nicht hin, kannst Du natürlich auch mehrere Durchläufe des Timers zählen (im errorHandler...) und aufaddieren.

Viele Grüße

Torsten