Hi,
das kommt immer drauf an, was du damit machen willst.
wenn beide Controller gleichzeitig Aufgaben verrichten können (oder müssen), sind 2 Controller natürlich besser.
Wenn's nur um die Zahl der Eingänge geht, ist ein großer Chip einfacher, da du dir die Kommunikation zwischen den Controllern sparst.
Größer als MEGA 32 gibt's aber nur noch in TQFP oder PLCC..

Die ganz großen (Mega1280/1281 etc.) sind leider noch nicht gut lieferbar.
86 IO's (!) bei den 100 Pin Versionen und 4 UARTs dürften dann aber erst mal genug sein

Gruß
Christopher