Hallo,
es ist schon ok, dass Vref nicht größer als 3V wird. Diese Referenzspannung wird mit der Spannung verglichen, die an den (großen) Sense-Widerständen abfällt -> Chopper-Regelung.
Dein kleines Do...Loop Beispiel sollte zwar funktionieren, ist aber nicht ideal. Der L297 legt ein neues Schrittmuster an die Ausgänge, sobald er eine fallende Flanke am Clock-Pin erkennt. Es reicht eine ganz kurze High-Phase am Clock-Eingang. Wenn Du also das erste "Waitms 500" durch ein Waitms 1 tauschst, ist das schon mal besser.
Übrigens sieht die obige Schrittfolge so aus, als wäre am L297 Halbschritt eingestellt und jedesmal beim Raufspielen Deines Programms bleibt es an einer anderen Stelle stehen. Bevor Du die Ansteuerung mit dem Controller machst, würde erstmal sicher gehen, dass seitens der Elektronik keine Problemchen auftreten, also die Takte an Clock manuell vorgeben.

Gruß, Ruppi