Hab unterdessen noch weiter geforscht. Die Quarze sind es nicht, die Störungen verursachen. Zudem hat der ganze Aufbau mit anderen Programmen funktioniert, es liegt also kaum an der Hardware... Eher an der Software.
Ich probiere nun, das Problem nochmals genau zu schildern:

Am Komparator hängt eine Photodiode, die ein Rechtecksignal gespeist bekommt. Immer, wenn sich eine Flanke tut, dann löst der Komparator einen Interrupt aus. In diesem Interrrupt wird zuerst einmal T erhöht, bis sie den Wert 8 erreicht.
Wenn ich zum Ersten mal nach dem Einschalten das Rechtecksignal laufen lasse, dann zählt er nur bis 7. Dann wird der AVR resettet. Danach, das Signal läuft ja unterdessen weiter, zählt er nochmals T bis 5. Dann resettet er wieder. Wenn ich nun das Rechtecksignal nochmals von Neuem laufen lasse, funktioniert der Code wunderbar. Nachdem das Signal beendet ist, zeigt er für einen kurzen Moment das Übertragene Byte an. Dann resettet er wieder und ich kann das Byte nochmals korrekt übertragen.

Irgendeine AVR-technische Besonderheit macht mir hier doch einen Strich durch die Rechnung... Die HW/SW-Stacks hab ich auf 128. Was kann das sein? Ich hab so ein Verhalten bis jetzt noch nie beobachtet...