Den gleichen Takt für beide kann man mit einem Quarzosszilator viel besser erzeugen als das einer mit einem Quarz getaktet wird und der andere dann einen Takt erzeugt.
Der Quarzoszi ist etwas größer und etwas teurer als ein Quarz und zwei Kondensatoren, aber dafür auch genauer und kann mehrere AVRs versorgen.

Zur Kommunikation: Es ist nicht nötig, das beide die gleiche Amplutide haben, wenn es um I²C oder RS232 oder so geht.
Diese Protokolle lesen das Signal mit einer x-fachen Auflösung von der eingestellten ein und erkennen damit sicher die Signale.
Dein PC ist ja auch nicht übers Netzwerkkabel mit dem Internet synchronisiert

Wenn du aber softwaremässig Daten übertragen willst und die Rate sehr schnell sein soll (vier Millionen Bits pro Sekunde), ist das fast nur möglich, wenn beide den gleichen Takt haben.