Wenn der Einbau von 1N4001 Dioden dazu führt, dass die Steuerung sich im phase mode nicht mehr selbständig macht, dann ist das ja ein deutliches Zeichen für Störungen im Logikteil. (... die sicher mit den Dioden nicht behoben sind.)
Andererseits spricht ja dann auch vieles dafür, dass durch Entstörung das Verhalten deutlich verbessert werden kann.

Wie gesagt sind schnelle Dioden sehr viel besser geeignet, die 1N4001 sollte man eigentlich gleich wieder herausnehmen.

Zur Untersuchung der Störungen ist es gut, sich die Platine vorzunemen und zu sehen, auf welchen Wegen der Logikteil mit Spannung versorgt wird und auf welchen Wegen die Motorströme fließen. Gemeinsame Wege, also die Masseverbindungen sind kritisch.
Eine sternförmige Anordnung der Masse zu einem gemeinsamen Bezugspunkt ist grundsätzlich zu empfehlen.
Sicher wird dann, wenn es kritisch ist, auch mehr als ein 100nF Kondensator einzusetzen sein.

Lange oder dünne Leitungen zu den Shunts sind ganz sicher problematisch denn sie führen zu höherem Spannungsabfall auch durch ihre Induktivität. Die Spannungsversorgung der Motoren mit den Leitungen kann auch durch ihren ohmschen und induktiven Widerstand zu Leistungsabfall führen.

Bei der Prüfung der Leitungen kann man auch experimentell ein paar zusätzliche Leitungen führen und sehen ob sich das Verhalten verbessert. Auf der sicheren Seite ist man erst dann, wenn man auf dem einen oder anderen Weg die Schwachstelle(n) gefunden und so systematisch wie möglich beseitigt hat. Erkennbare Spikes sind dabei sicher auch ein guter Anhaltspunkt.
Manfred