Mach doch einmal den Test sozusagen zu Fuß. D.h.:

Direkt in der SIGNAL-Routine zählst du UND vergleichst mit 1000, und direkt dort drehst du auch die LED's mal an und aus. Ob das Blinken etwa 1 sec. braucht, kannst du gut abschätzen. Mir scheinen die RnAVR-Werte plausibel.

Mehrbytige Felder in der ISR zählen und im non-ISR mode vergleichen ist so eine Sache.