Also die geschichte mit dem Timing passt glaub ich, da man dort den entsprechenden Takt "anlegen" kann. Dein AVR-compiler spricht natürlich nicht direkt das FPGA an. Du compilierst deinen Quellcode und der compilierte code wird dann in das Tool von opencores.org so umgewandelt das es für das FPGA aufbereitet ist. Ich denke mal, das für kleinere anwendungen auf jeden fall ein AVR ne bessere lösung ist. Ein FPGA ist eher für die mächtigeren Projekte gedacht, da es so flexibel ist.